Powołany przez 10 polskich prowincji franciszkańskich (OFM, OFMConv, OFMCap). Celem ISF jest poznawanie i promowanie szeroko rozumianej kultury franciszkańskiej, która obejmuje teologię, filozofię, duchowość wyrosłe na przestrzeni wieków począwszy od św. Franciszka poprzez jego naśladowców. Powołany przez Senat Papieskiej Akademii Teologicznej w Krakowie w dniu 21 maja 2003 r. na wniosek Konferencji Prowincjałów Franciszkańskich w Polsce. Ośrodek prowadzi zajęcia dydaktyczno - naukowe w ramach studiów licencjacko - doktoranckich. Uczestnikami wykładów są studenci Papieskiej Akademii Teologicznej w Krakowie z tytułem magistra. Działa w ramach ISF od 2002 r. Organizuje spotkania formacyjne dla sióstr zakonnych żyjących według charyzmatu św. Franciszka i św. Klary. Spotkania kierowane są przede wszystkim do osób aktualnie formowanych, do postulantek, nowicjuszek i juniorystek. Mają pomóc w pogłębieniu ogólnej wiedzy teologicznej i duchowości franciszkańskiej. Ośrodek Studiów Franciszkańskich prowadzi wspólnie z Instytutem Ochrony Przyrody (IOP PAN) Akademię Ochrony Przyrody.